小学校・中学校の義務教育期間に元気学園で指導した不登校の生徒は、今までのところ「全員、学校出席扱い」になっております。生徒達の様子は、毎月学校に知らせています。出席状況、模擬試験の結果、検定試験の結果（英語検定、漢字検定など）、技術実習で作った作品などを毎月学校へ送付しています。

学校復帰の際には、元気学園からのアドバイスをもとに、子どもたちへの対応方法などを先生方が学び、スムーズに学校へ戻っていけるようご協力いただいております。また、高校進学の際には、中学校から依頼されて成績表を書いたり、模擬試験や検定試験の結果を進学先の高校へ添付する場合もあります。子どもたちの将来の道が開けるよう、学校と協力して、育てていく体制をとっております。

高校における出席扱いは、各学校の判断で異なってきます。出席扱いを認めた場合でも、すべての単位が認められる訳ではなく、学校によって細かな制限があります。
そのため、元気学園の生徒たちの多くは「高卒認定試験」により大学受験に備えております。